組織改編に当たって特に注意を払ったのは以下の点である。
１ 発足当初の目的を再度確認し，その合目的化を推進する。
２ 各部署ごとの生産性の一層の向上を目指す。
３ カスタマの多様なニーズに対応する。
４ 女性カスタマの積極的な取り込みを計る。
さらに組織改編の具体的な方針としては以下のとおりである。
１ 将来の大幅な増員に備え，原則として支部を都道府県単位に整理する。
２ 関東本部に偏重していた機能を本体に移行させる。
３ 各本部間の組織的均衡を計る。
４ 日ピン研本体の調査研究能力の充実強化。
５ 支部を基本とした組織作り。
以上を念頭に入れ組織改編を実施した。
最近の男女平等化を視野に入れ女性会員の登用を積極的に推進したいところであるが，日ピン研における女性会員の比率は４％にすぎない。女性会員加入の積極的施策を講ずるため先に新設した「総務部」の下に「女性対策室」（室長マドンナ氏併任）を新設し，女性会員の獲得及び女性カスタマの獲得を積極的に推進する体制を構築した。
また，多様なニーズ，特に最近の風俗相談の激増に鑑み総務部の下に「悩み事相談室」（室長ＫＥＮ氏併任）を新設し，常態的かつ能動的に相談業務を処理する体制を作ることとした。
組織が拡大傾向を見せ始めてから現在まで，関東本部に調査・研究部門が集中する結果となったが，これら調査・研究部門の各組織は本来的には区域を問わず活動するのであり，実態と組織構成が著しく相違していたと言わねばならない。そのため地域的制約を受けない部署は総て本体に異動し，より柔軟かつ生産性の高い組織構成に改めた。そのうち，調査部については広域調査課を設け，複数支部に渡る調査等を効率的に進める体制とし，さらに研究部を独立して新設し，体系的かつ専門的に風俗学の中でも最も困難な基礎研究を推進する環境を整備し，また研究家の養成も実施することとなる。
また今後の国内の国際化に対応し，積極的な海外進出及び海外情報の収集並びに本邦在住外国人の必要なニーズにこたえるため，海外本部と連携して主に国内での国際対策を推進するため，国際化推進室（室長Ｍ氏併任）を新設した。
日ピン研発足以来今日まで，各地域本部は「関東」「関西」と称していたが，最近の日ピン研の支部構成を見るに一地方の名称を冠するのはもはや適当とは言えず，また英訳名称に合わせ「東日本」「西日本」と改称することとした。伝統的な「関東」「関西」の名称が日ピン研から消えるのはかなりの抵抗があるが，旧来の思想に囚われず「良いところは積極的に取り込み，必要のない着想や伝統はみな捨てる」と言うフレキシブルな姿勢で臨むと言うことを鮮明にするためにも敢えて断行すべきと判断した訳である。
同時に各支部についてもかなり変更をすることとなった。各支部の管轄区域のコンセプトは（特に関東本部内では）沿線別という非常にユニークな体系を採用していたが，これは風俗業界の特質に合せた効率的な編成であった。しかし，予想を超える会員増により，現状では各沿線支部に過大な負担がかかりつつあり，また，地域に密着し独自性を発揮し，かつ支部を基本的ユニットと捕らえ，原則として一都道府県一支部体制の布石となる構成に改めた。
またその下位組織も支局から事務所に改め末端組織の強化拡充をした。当初，機動調査隊は本部直轄として新編する予定であったが，これを各支部に配置した。これらを各支部に配置したのは支部が調査の主力と成ることを期待しての措置である。なお，札幌・岡山支部は北海道・中国各地方を管轄するので，実態に合せ北海道・中国支部に改称した。なお，北海道・東海・中国・九州各支部は今後都道府県単位（北海道は支庁単位）に分割して行く計画であり，空白地帯の東北・四国地方についても支部の設置を検討中である。
以上が組織改編の概要である。これで１２０名までの増員に対応しうる体制が確立されたわけであるが，さらに，平成１３年度末を目安に女性会員の比率を１５％程度まで引き上げたいと考えている。